Manastir Zemen je sada pretvoren u muzejski kompleks. Sastoji se od dve povezane zgrade, malog zvonika i crkve u centru velikog, dobro održavanog dvorišta.

Crkva je dobila ime po svetom Jovanu Bogoslovu i najstarija je sačuvana građevina na tom području koja datira iz XI veka. Predstavlja krst kvadratnog oblika sa kupolom iznad visokog cilindričnog bubnja. Zidovi su izrađeni od ašlara – sedre. Oltar je napravljen od masivne kamene ploče, čiji je pod ukrašen živopisnim mermerom i kamenim komadima. Ljudi koji žive u blizini pričaju legendu da vam oltar ostvaruje želje – dovoljno je da levu ruku stavite na površinu i šapnete.

Jedinstvene freske na zidovima slikane su između XI i XIV veka, a sačuvani donatorski portreti jedni su od najvrednijih u zemlji. Sveukupni stil slika nije sledio tradicionalna pravila vremena i stoga se ne mogu videti nigde drugde. U crkvi se nalazi i najranija slika sv. Ivan Rilski.

Sada se manastirsko dvorište često koristi za održavanje mnogih ceremonija venčanja zbog lepog mesta i mirne atmosfere.