Сега Земенският манастир е превърнат в музеен комплекс. Състои се от две свързани сгради, малка камбанария и църква в центъра на голям, добре поддържан двор.

Църквата е кръстена на св. Йоан Богослов и е най-старата запазена сграда в района, датираща от 11 век. Това е квадратен кръст с купол над висок цилиндричен барабан. Стените са от ашлар – туф. Олтарът е направен от масивни каменни плочи, чийто под е украсен с цветни мраморни и каменни парчета. Хората, които живеят наблизо, разказват легендата, че олтарът изпълнява вашите желания – достатъчно е да поставите лявата си ръка на повърхността и да прошепнете.

Уникалните стенописи по стените са рисувани между 11 и 14 век, а запазените донорски портрети са едни от най-ценните в страната. Цялостният стил на картините не следваше традиционните правила на времето и следователно не може да се види никъде другаде. В църквата има най-ранната картина на Св. Иван Рилски.

Сега манастирският двор често се използва за провеждане на много сватбени церемонии поради красивото местоположение и спокойната атмосфера.